TXの列車番号

4桁の数字が全ての列車に与えられています。車両の表示が始まったのは2005年7月22日からです。

1000の位

1000の位は種別を表します。

0	不明
1	定期設定なし（御召し列車で使用）
2	通勤快速
3	快速
4	区間快速
5	普通
6	定期設定なし
7	定期設定なし（東日本大震災直後に使用）
8	回送
9	特発臨時列車

臨時・団体列車の場合、実際の運転に一番沿っている種別の1000の位が使われています。

100の位

100の位は運転区間を表します。

0	秋葉原～つくば
1	北千住～つくば（*1）
2	秋葉原～守谷 秋葉原～総合基地
3
4
5	秋葉原～八潮　北千住～八潮
6	八潮～守谷　八潮～総合基地
7	守谷～つくば
8	守谷～総合基地
9	八潮～つくば

（*1） - 2016年度のダイヤ改正以前は、秋葉原～つくば間臨時列車での使用実績があります。

行き先が守谷でも総合基地でも付番方式は一緒です。
ただし、守谷で折り返すつくば方面への入出庫列車は8800番台で守谷に来てから、5700番台or8700番台で出発します。

10の位・1の位

下りが奇数、上りが偶数と分かれており、それぞれ発車時刻が早い順に付番されます。普通の守谷行き系統などは5299レまでくると5301レに繰り上がります。
例外として臨時列車で番台分けを行う場合があります。正月終夜列車は50番台とされました。

色分けされている会社って珍しいのではと思います。
橙色・・・普通・回送
赤色・・・快速・区間快速